本来期限が過ぎて破棄すべき文書は破棄をしてないというミスが発見された時点でミスを正す、つまり、破棄すべき

文書の保存期間は決まっている。
期限を過ぎたものは、破棄するのが当然。
Yahooより。
ＰＫＯ日報、特別防衛監察へ　稲田氏「隠蔽あれば改善」
朝日新聞デジタル 3/16(木) 9:54配信
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170316-00000025-asahi-pol
記事より、
陸自内で「廃棄した」としたデータが保存されていたことが判明するとともに、公開請求への不開示決定後に削除された可能性について報じられたことを受け、事実関係を本格調査する必要があると判断・・・
ということで、ルールは保存期間が過ぎた文書は破棄するということ。
この破棄を怠っていたということなら、それはすぐに正す必要がある。
どうしても必要な文書であれば、保存期間の見直しがまず必要だ。